El uso de la energía molecular no conlleva ningún tipo de impacto ambiental pues la escala de trabajo de esta energía como lo dice su nombre es a nivel molecular, pero por otro lado para poder utilizar esta energía se necesita que las moléculas entren en movimiento, ante lo cual se requieren altas temperaturas y esto sí afecta al ambiente, pues se necesita una central térmica, que por lo general funcionan a base de combustibles fósiles (petróleo, carbón, gas natural).
